ATK u themelua më 17 janar 2000 nën drejtimin dhe administrimin e UNMIK-ut. Drejtor i parë i ATK-së ishte ndërkombëtar i punësuar nga një kontraktues i USAID-it. Nga tetori i vitit 2001 deri në shkurt të vitit 2003, kishte bashkëdrejtorë nga USAID-i dhe vendor që ndanin rolin e drejtorit.
Më 18 shkurt 2003, autoriteti për Administratën Tatimore u bart nga UNMIK-u te Ministria për Ekonomi dhe Financa dhe mori detyrat e drejtorit të ATK-së një vendor.
Që nga ajo kohë, ATK ka funksionuar si një organizatë autonome, e menaxhuar krejtësisht nga banorë të Kosovës me këshillime dhe ndihmën e organizatave donatore ndërkombëtare në radhë të parë, USAID-i, BE dhe FMN.
Gjatë historikut të shkurtër të saj, ATK ka zhvilluar një strukturë organizative funksionale e cila në pjesën më të madhe të saj është në pajtim me praktikat më të mira ndërkombëtare.
Legjislacioni tatimor i Kosovës është pranuar si nga FMN-ja, ashtu edhe nga Komisioni Evropian si legjislacion transparent dhe në harmoni me standardet ndërkombëtare.
Me gjithë zhvillimin e vet dhe asistencën e dhënë, ATK ende duhet shumë për të bërë që të jetë Administratë Tatimore moderne, eficiente dhe një organizatë prijëse shtetërore në Kosovë.
Administrata Tatimore e Kosovës është agjension ekzekutiv në kuadër të Ministrisë së Financave.